নোয়াখালী জেলা'র মর্যাদা পায় ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানী কর্তৃক এদেশে জেলা প্রশাসন প্রতিষ্ঠার প্রাথমিক পরীক্ষা-নিরীক্ষার সময় থেকেই। ১৭৭২ সালে কোম্পানীর গভর্নর জেনারেল ওয়ারেন হেস্টিংস এদেশে প্রথম আধুনিক জেলা প্রশাসন ব্যবস্থা প্রবর্তনের প্রচেষ্টা নেন। তিনি সমগ্র বাংলাদেশকে ১৯টি জেলায় বিভক্ত করে প্রতি জেলায় একজন করে কালেক্টর নিয়োগ করেন। এ ১৯টি জেলার একটি ছিল কলিন্দা। এ জেলাটি গঠিত হয়েছিল মূলতঃ নোয়াখালী অঞ্চল নিয়ে। কিন্ত ১৭৭৩ সালে জেলা প্রথা প্রত্যাহার করা হয় এবং প্রদেশ প্রথা প্রবর্তন করে জেলাগুলোকে করা হয় প্রদেশের অধীনস্থ অফিস।

১৭৮৭ সালে পুনরায় জেলা প্রশাসন ব্যবস্থা প্রবর্তন করা হয় এবং এবার সমগ্র বাংলাদেশকে ১৪টি জেলায় ভাগ করা হয়। এ ১৪ টির মধ্যেও ভুলুয়া নামে নোয়াখালী অঞ্চলে একটি জেলা ছিল। পরে ১৭৯২ সালে ত্রিপুরা নামে একটি নতুন জেলা সৃষ্টি করে ভুলুয়াকে এর অন্তর্ভূক্ত করা হয়। ১৮২১ সালে ভুলুয়া নামে নোয়াখালী জেলা প্রতিষ্ঠার পূর্ব পর্যন্ত এ অঞ্চল ত্রিপুরা জেলার অন্তর্ভূক্ত ছিল।

আর একটি বিষয় উল্লেখ করা প্রয়োজন যে, আধুনিক অর্থে জেলা প্রশাসন ব্যবস্থার প্রবর্তন হয় ১৭৯০ সালে। এর পূর্বে কোম্পানীর শাসন বলতে আইনত ছিল শুধু বাংলার দেওয়ানী বা রাজস্ব শাসন। আর নিজামত বা সিভিল প্রশাসনের দায়িত্ব ছিল বাংলার নবাবের হাতে। জেলা প্রশাসন প্রতিষ্ঠার জন্য এ সময় পর্যন্ত কোম্পানী কর্তৃক যে সকল পরীক্ষা নিরীক্ষা করা হয় তা শুধু রাজস্ব প্রশাসনের দক্ষতা বৃদ্ধির মাধ্যমে ভূমি রাজস্ব থেকে কোম্পানীর আয় বৃদ্ধির জন্য। কিন্ত ১৭৯০ সালে কোম্পানীর গভর্নর জেনারেল লর্ড কর্নওয়ালিশ নবাবকে তার নিজামত ক্ষমতা থেকে বঞ্চিত করেন এবং রাজস্ব প্রশাসনের সাথে সমস্ত ফৌজদারী বিচার ও পুলিশী ক্ষমতা জেলা কালেক্টর এর উপর অর্পণ করেন। ফলে সমাপ্ত হয় বাংলার নবাবী এবং প্রতিষ্ঠিত হয় সমগ্র বাংলায় ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানীর একচ্ছত্র শাসন। আর এ শাসন পরিচালনার সমুদয় ক্ষমতা কেন্দ্রিভূত করা হয় কালেক্টর পরিচালিত জেলা প্রশাসন ব্যবস্থায়।